Uspořádat místní referendum se koncem roku 1999 jevilo jako jediná možnost, jak rozhodnout osm let trvající spor o výstavbu nových komunikací. Už v roce 1992 schválilo městské zastupitelstvo nový územní plán, v jehož závazné části se objevila nová komunikace přes botanickou zahradu. Narozdíl od provizorní "panelovky", která zde byla postavena v polovině sedmdesátých let a poté zrušena, měla být nová silnice stavbou trvalou.
Stavba takového rozsahu by znamenala rozdělení botanické zahrady na dvě poloviny a ztrátu třetiny plochy celosvětově unikátního hospodářského systému. Jeho ojedinělost spočívá zejména v tom, že se zde pěstují rostliny, které v průběhu staletí člověk - zemědělec vyšlechtil ke svému prospěchu. Jde tedy o jakousi genetickou banku, která v dnešní době slouží nejen k výuce studentů táborských škol, ale i jako zdroj pro další šlechtění. Botanická zahrada je rovněž jedinou ucelenou zelenou plochou v centru města, stranou od pouličního ruchu. Proto je oblíbeným cílem procházek např. maminek s dětmi.
Reakcí na plán výstavby silnice a bouřlivých diskusí, které kolem něj probíhaly, byla vlna občanské aktivity, která vrcholila v letech 1996 a 1997. Vznikla nezisková organizace s názvem Sdružení pro ochranu botanické zahrady, která se postavila do čela kampaně. Jejím cílem bylo přesvědčit městské zastupitelstvo, aby přestalo připravovat výstavbu silnice přes botanickou zahradu (připravovaly se již podklady pro územní řízení) a vyjmulo ji svým usnesením z územního plánu. Přestože se pod petici podporující tyto požadavky podepsalo téměř osm tisíc lidí a přestože sdružení zadalo zpracování reprezentativního dotazníkového šetření z něhož vyplynulo, že téměř osmdesát procent občanů Tábora s výstavbou této silnice nesouhlasí, nenašla se potřebná většina zastupitelů, která by se vyslovila proti silnici. Zároveň však zastupitelstvo nemohlo ignorovat veřejné mínění a proto rozhodlo odložit uvažovanou výstavbu silnice o dva roky s tím, že se pokusí hledat jiné, alternativní řešení.
Skutečné řešení problému se tak odsunulo. V průběhu následujících let se ukázalo, že ve vedení města neexistuje vůle přiklonit se otevřeně na jednu či druhou stranu (zařadit investici na stavbu silnice do rozpočtu města, nebo naopak přestat o její výstavbě uvažovat).
Ještě v průběhu roku 1999 o věci několikrát jednalo městské zastupitelstvo, avšak bezvýsledně. Nikdo neměl odvahu pustit se do řešení tak ožehavého problému. Protože se však v průběhu roku 1999 začala intenzivně připravovat výstavba místní komunikace po nábřeží Jordánu, která měla úzce souviset s komunikací přes botanickou zahradu a zároveň se ukázalo, že bez jasné odpovědi na otázku, zda se má silnice přes botanickou zahradu stavět či nikoli, nebude možné reálně uvažovat
o rekonstrukci botanické zahrady samotné, vzrostla potřeba jasného a autoritativního rozhodnutí problému.
Silnice po nábřeží Jordánu je stejně kontroverzní stavbou, jako silnice přes botanickou zahradu. Podél Jordánu vede v těchto místech vycházkové korzo, v letním období využívá toto místo řada lidí ke koupání. Výstavbou komunikace by navíc došlo k úplnému obklíčení budovy gymnázia silnicemi.
Obě nové komunikace by si vyžádaly investici z městského rozpočtu ve výši cca 30 miliónů korun, aniž by výrazným způsobem přispěly ke zlepšení dopravní situace
v Táboře.
Jednou z možností, jak tuto patovou situaci vyřešit, se jevil institut místního referenda, a to zejména proto, že přenáší rozhodovací pravomoc ze zastupitelských orgánů města na samotné občany. Myšlenku na uspořádání místního referenda přijalo koncem roku 1999 za svou i Sdružení pro ochranu botanické zahrady, do té doby vůdčí subjekt oponentů záměru výstavby. Na návrh Mgr. Pavla Douchy z Ekologického právního servisu a člena městského zastupitelstva ing. Jiřího Fišera se členové sdružení rozhodli prosadit konání místního referenda společně s plánovanými volbami do krajských zastupitelstev. Zároveň se sdružení usneslo, že bude prosazovat referendum o dvou otázkách, týkajících se silnice přes botanickou zahradu a silnice po nábřeží Jordánu.
